Existem várias opções para rodar Windows (ou aplicações WindowS) no Linux, tais como WINE, VMware, BOCHs e ilk. Mas e quanto ao contrário? Fora o Cygwin, há outra maneira, usando o LINA, que deverá ser lançado em julho deste ano.
Por enquanto confira mais em: http://www.openlina.com
Não esqueça dos vídeos: http://www.openlina.com/videos.html
Fonte: http://www.osnews.com/story.php/18171/Linux-on-Windows-with-Lina